پس از مدت‏ها اختلاف بین مسؤولان انقلابی نظام اسلامی و بنی‏صدر، رییس جمهور خائن و طرفداران او، همچنین سوء مدیریت در جنگ و نیز موضع‏گیری علیه اهداف نظام اسلامی، حضرت امام خمینی(ره) در 20 خرداد 1360، پس از مشورت با مسؤولان عالی رتبه نظام، وی را از فرماندهی کل قوا، که به نیابت از ولی فقیه در اختیار او بود، بر کنار نمودند. این عمل حضرت امام، واکنش منفی بنی‏صدر را برانگیخت و به جای آن که در صدد اصلاح خود و پایان دادن به کارشکنی‏ها و مخالفت‏های خود باشد، به حکم امام بی‏اعتنایی نمود که این امر بر نمایندگان انقلابی مجلس شورای اسلامی گران آمد. از این‏رو در 24 خرداد، درخواست طرح عدم کفایت سیاسی او را در مجلس عنوان نمودند.

آیت الله مظاهری از اساتید برجسته حوزه علیمه گفتند: امام خمینی (ره) از ارتکاب گناه تنفر داشت و حتی با شنیدن گناه دیگران به سختی بر می‌آشفت.

آیت الله مظاهری از اساتید برجسته حوزه علیمه در ضمن بیان خاطره ای از امام خمینی(ره) اظهار داشتند: روزی امام خمینی (ره) با پریشانی و ناآرامی بر سر درس حاضر شدند وگفتند: امروز برای درس و بحث نیامده‌ام، ‌بلکه بر سر درس حاضر شدم تا شمارا نصیحتی کنم.

بعد فرمودند: یکی از بزرگان در پی اعزام نماینده‌ای ازسوی میرزای بزرگ شیرازی به یکی از بلاد، به مرحوم میرزا نوشت: نماینده‌ایبفرستید که از علم، تقوا و عقل برخوردار باشد. اگر چنین کسی یافت نشد،کسی را بفرستید که لااقل متّقی و عاقل باشد. و اگرنه، ‌دست کم باید آننماینده، عاقل باشد تا اسلام را با عقلش حفظ کند.

سپس اضافه کردند: من بهشما می‌گویم اگر از علم و تقوای کافی برخوردار نیستید، از عقل و فکر خودتبعیت کنید تا حوزۀ مقدسه حفظ شود. این ناآرامی و پریشانی حضرت امام وصحبت‌های آن روز ایشان، در اثر اطلاع از غیبت یکی از طلاب، درباره یکیاز مراجع تقلید، رخ داد.

امام خمینی پس از این واقعه، بیمار شدند و چندروز از تدریس و مباحثه ناتوان شدند. دلیل این همه، ‌آن بود که آن بزرگواراز ارتکاب گناه تنفر داشت و حتی با شنیدن گناه دیگران به سختی بر می‌آشفت.

پایگاه اطلاع رسانی دفتر حفظ و نشر آثار رهبر انقلاب نوشت: در چهاردهمین روز از خرداد 1368، دو خبر از دو حادثه بزرگ، هر یک به نوعی، ملت ایران را تحت تأثیر خود قرار دادند.

در نخستین ساعات بامدادی این روز انتشار خبر عروج ملکوتی بزرگ مرد تاریخ ایران و جهان اسلام، و رهبری که ایرانیان و مستضعفان جهان از جان عزیزترش می‌داشتند، چنان غم و اندوهی عظیم را بر دل این ملت حاکم ساخت که وصف آن براستی از قدرت قلم بیرون است: «غم فراق نه آن می‌کند که بتوان گفت»

و اما در پسین ساعات این روز ، انتشار خبر انتخاب حضرت آیت‌الله خامنه‌ای به ولایت امر و رهبری نظام از سوی مجلس خبرگان، دل‌های ماتم زده‌ی این امت را آرامش بخشید و پرده‌های ظلمانی نگرانی را از هم درید: «ز در درآ و شبستان ما منور کن»

اعضای خبرگان رهبری نیز در این روز دوبار در محل مجلس شورای اسلامی گردهم آمدند. صبح هنگام، اعضای این مجلس به همراه دیگر شخصیت‌های بلند پایه کشوری و لشکری، در فضایی حزن آلود به وصیت‌نامه‌ی سیاسی الهی حضرت امام حاوی عصاره اندیشه‌ها ، آرمانها و تجربیات این عارف روحانی و پیر خردمند عرصه سیاست و بنیانگذار نظام جمهوری اسلامی که توسط آیت‌الله خامنه‌ای قرائت گردید، گوش فرا دادند و در بعدازظهر این روز با تشکیل جلسه‌ای فوق العاده به منظور تصمیم‌گیری درباره چگونگی استمرار رهبری نظام، طی اقدامی امید آفرین، مسئولیت خطیر ولایت امر را بر عهده‌ی آیت‌الله خامنه‌ای نهادند.

حضرت آیت الله خامنه ای در اجتماع عظیم مردم در حرم مطهر امام خمینی ، امام را برجسته ترین شاخص انقلاب خواندند و باتاکید بر اینکه امام منهای خط  امام ، امامی بی هویت است افزودند: تکیه همیشگی بر اسلام ناب محمدی - جاذبه و دافعه در دایره مکتب اسلام - یقین به وعده های الهی - محاسبات معنوی و تقوا- نگاه جهانی به انقلاب اسلامی - تکیه بر مردم - و توجه به حال فعلی افراد هنگام هرگونه قضاوت، از جمله شاخص های اصلی خط امام است که باید بطور صحیح تبیین شود و مورد توجه مستمر قرار داشته باشد .

به گزارش "تابناک"، رهبر انقلاب در سالگرد رحلت حضرت امام خمینی (ره)  و در خطبه های نماز جمعه این هفته ، حفظ جهت‌گیری‌های اصلی در حرکت‌های اجتماعی بویژه انقلاب ها را مانع انحراف و یا دگرگون شدن آنها دانستند و افزودند: افراد یا جریان هایی که معمولاً در پی تغییر هویت انقلاب ها هستند، با پرچم رسمی و تابلو مشخص جلو نمی‌آیند بلکه حرکت آنها پنهان و غیر آشکار است، بنابراین وجود شاخص در انقلاب ها بمنظور جلوگیری از هرگونه انحراف ،بسیار ضروری است.

ایشان تأکید کردند در انقلاب اسلامی ایران، مهمترین و اصلی‌ترین شاخص، امام و خط امام است که در رفتار، گفتار و وصیت‌نامه امام بزرگوار(ره) تجلی یافته است.

حضرت آیت‌الله خامنه‌ای با اشاره به ضرورت تبیین صحیح شاخص های امام و عدم فراموشی یا پنهان ماندن آنها، افزودند: تبیین بد دیدگاهها و نظریات امام(ره) و یا فراموشی آنها همانند از کار افتادن قطب نمایی است که جهت صحیح را نشان نمی دهد.

رهبر انقلاب اسلامی با تأکید بر اینکه مواضع و دیدگاه های امام خمینی(ره) باید کاملا صریح و روشن تببین شود، خاطر نشان کردند: شخصیت و هویت امام نیز به همین مواضع صریح و قاطعانه ایشان است که دنیا را به لرزه درآورد و ملت ها را بیدار کرد .

حضرت آیت‌الله خامنه‌ای با یادآوری مواضع امام(ره) درخصوص استکبار، ارتجاع، لیبرال دموکراسی غرب ، و منافقان و دورویان افزودند : ما نمی‌توانیم و نباید بخاطر خوش‌آمد برخی افراد یا جریان ها، مواضع امام را پنهان و یا کمرنگ کنیم.